凡例
一、本草一书，首宜分其形质气味，次宜辨其经络脏腑，终宜表其证治功能。 历观诸书，无不备载，然理道不明，意义不疏，徒将治效彰著，浅学医士，其奚辨焉。 况有补不实指，泻不直说，或以隔一隔二以为附会，反借巧说以为虚喝，义虽可通， 意难即悟。兹从往昔诸书，细加考订，其有一义未明，一意未达，无不搜剔靡尽， 牵引混说，概为删除，俾令真处悉见，断不随声附和，语作影响，以致眩人耳目也。
一、药品补泻，或阴或阳，或气或血，或燥或润，原自有别，遍绎诸书，无有实载； 如白术味苦性燥，是能入脾补气；山药味甘气平，是能入脾补阴；人参、 黄耆味甘性温，是能入肺而补气；萎蕤、蜂蜜甘平甘温，是能入肺而补阴；龙眼甘温， 是能入心而补气；当归、柏子仁辛甘温润，是能入心而补血；山茱萸、杜仲辛温酸温， 是能入肝而补气；首乌、阿胶甘平微温，是能入肝而补血；至附、桂辛热， 则能入肾以补阳；熟地、枸杞甘润甘温，是能入肾以补阴；补剂如斯，泻剂亦然， 而书仅以补泻混指。是集论补、论泻，俱以阴阳气血分辨， 概不敢以影响浑混等语塞责，庶使开卷暸暸，无有错误。
一、本草药性，最宜就实讲明，不可一毫牵引；如书既言桑白皮入肺泻火， 是明于气无补，而又混引益气之说以相淆；枳壳、枳实本为下气最峻之味， 而书又引益气明目之说以为质；桔梗本属升气之品，而书又扩其义曰降； 赤小豆本非大热之味，而书又别其义曰燥；紫石英、白石英之甘与温，本非最湿之品， 而书又反其词曰湿；此惟上哲之士，始可以悟其蕴，若使粗工褊浅， 又曷克以明其义乎。是集凡有义蕴难明之处，逐一详解，不令稍有含混。
一、经络脏腑，他书亦有载系某药主入某经，某药兼入某经，然众书繁杂，持论不一； 如知母味辛而苦，沉中有浮，降中有升，本能清肺以宁肾，而书偏置润肺不语， 止言于水有滋，牵强混引，殊多不解。是篇凡有类此不明，无不从实发辉， 庶主辅攸分，而经腑与脏之药，自不致误。
一、是集论症、论治、论效，总以药之气、味、形、质四字推勘而出， 则药之见施于病者，既有其因，而药之见施于病而即有效者，又有其故； 如刘奴之破瘀通经行血，又治金疮使血顿止，一通一涩，似不相合，他书止载治效， 无有诠释，使人自悟。是篇凡其药有类是，无不按实考明，尽情阐发，俾令后学， 始有津涯。
一、药多有形质相同，气味相等，若使各为注释而不比类合观，则疑似莫辨；如诃子、 粟壳共为涩药之类，白蔻、砂仁共为燥胃之类，猪苓、泽泻共为利湿之类，羌活、 独活共为驱风之类，大戟、甘遂共为泻水之类，枳壳、枳实共为破气之类，附子、 肉桂共为补火之类，地黄、枸杞共为滋水之类，牛黄、贝母共为清热祛痰之类，乳香、 没药共为行血、破血之类，人参、黄耆共为补肺、补气之类。本草分论虽多， 而合论则少，是篇尚论药味，凡有气味相同，无不先于篇首合同阐发，再于各味之中， 又取相类以为分别，庶使毫厘千里，无有差谬。
一、药有宜有忌，宜者可用，而忌者不可用也。有其宜之当用，即有其忌之不可用。 是篇既于药品之宜反复申明，复于药性之忌，多为诰诫，俾其喜忌并知， 而无临症岐亡之弊矣。
一、本草药味，他氏多以草木昆虫金石类为编次，以便披阅。然形质虽同， 而气味不就一处合编，则诸药诸性，又已分散各部而不可以共束矣。是编开列药品， 总以气味相类共为一处；如补火等药，则以补火为类；滋水等药，则以滋水为类； 间有一味而兼数治数性者，则不得不就一处以为品列，不必彼此重见， 是亦限于编次之一道也。再于分别气味之下，又注是草、是木、是金、是石以为类次， 俾气味既得依类而处，而形质亦得分类合观，庶泾渭攸分，而学者自无亡津之叹。
一、本草本经，出自神农，其理自属不易；然考论中所载，药性多有安五脏、定神志， 并延年益寿、身轻黑发，及桑白皮、紫草补中益气等说，按此语多肤廓，不无可疑； 且考神农尝草，流传至今，是时文字未开，当有识识相因，不尔何由得闻； 所详药出郡县多有后汉地名，故寇宗奭、陶通明、掌禹锡皆谓是书考之于汉， 已有不能断自何代所作；淮南子虽言神农尝百草以和药，亦无本草之名， 至称桐雷本此载在简编，应与素问同类，何以后人多为更饰，故有疑为他氏所著； 厥后代为损益，其真愈失，而其论愈讹，无怪李氏濒湖纂集本草， 仅以本经主治冠列诸首，而不力为着解；且有疑其经论未确，留此以为存羊之意； 非故厚今薄古，实以语多肤廓，故不敢以疑信相参之书，等于素问， 同作千古俎豆观也；惟有长洲张璐极力尊崇，而其中多有强为组合之心， 仍非尊崇本意。故余尚论药性，每从实处追求，既不泥古以薄今，复不厚今以废古， 惟求理与病符，药与病对，俾炎帝救世之真心，默与余论相合，而不失其尊崇之意， 是亦余心之素望也矣。
